Ekološka proizvodnja vina temelji se na ekološkoj proizvodnji sirovine za proizvodnju vina, a to  je ekološki proizvedeno grožđe. Da bi se proizvelo ovo grožđe potrebno je u zaštiti vinove loze u tijeku njenog vegetacijskog perioda koristiti isključivo prema međunarodnim standardima ekološki dopuštena zaštitna sredstva. Glavna značajka ovih sredstava za zaštitu vinove loze od bolesti je da su gotovo posve neškodljiva za ljudski organizam, tj. nemaju otrovnih supstanci, a karenca je minimalna ili je uopće nema. Također, nije dopuštena upotreba mineralnih gnojiva i herbicida i kemijski dobivenih insekticida. Važno je napomenuti da susjedne parcele ekološkom vinogradu također ne smiju biti tretirane ekološki nedopuštenim sredstvima. Kuće koje izdaju ekološke certifikate uzimaju uzorke lista vinove loze, rade njihovu kemijsku analizu i tako tijekom vegetacijskog perioda nadziru proizvodnju grožđa.

Ekološko vino dobiva se od grožđa koje je proizvedeno na gore opisani ekološki način. U proizvodnji vina također je broj enoloških sredstava ograničen samo na sredstva neškodljiva za ljudsko zdravlje ili su u nekim slučajevima ograničene doze enoloških sredstava.

Ekološki proizvedeno vino ima dvije osnovne prednosti pred konvencionalno proizvedenim vinom: čistiji i prirodniji miris i okus vina te zaštita organizma od unosa toksičnih sredstava.